下密院，坐落于拉薩市幸福路北邊，東與墨如寺相接。占地為2100平米（10.6廟）。下密院，藏語稱“舉麥扎倉”，是下邊地域弘傳密法之所，屬藏傳佛教格魯派密院最大名校之一。
下密院興建于1433年（藏歷第七繞迥之黃牛年），至今已有約五百七十多年。系宗喀巴八大徒弟（即：號稱之為絳噶哇高手 的嘉祥曲桑、上座桑炯瓦、上府仁欽堅贊、上府強僧哇、垛丹·健白嘉措、格西喜饒扎、杰尊·喜饒僧格、格西白炯瓦）中的第七位杰尊·吉饒僧格所建立。杰尊·喜繞僧格生在1382年（藏歷第六繞迥之水狗年），出生于后藏古爾瑪地區。父名丹巴瑪波，母經典名曲古扎西。幼時入納塘寺依珠巴·吉繞堪欽從師受沙彌戒，研修派系教學，在其中對香巴噶舉教學功底深刻。
1401年暑假游學全國各地，趕到前藏在沙拉曲頂聽宗喀巴授課顯密教學，深得精義。1419年（藏歷第七繞迥之土狗年）秋，宗喀巴為哲蚌寺阿扎倉大威德金剛本尊開關后到沙拉曲頂授課密法。法大會上宗喀巴大師對眾徒弟再三諭以：“吾之密法誰可以承繼發揚之？”而沒有人敢承擔。這時候，杰尊·喜繞僧格站起恭答：“高手 的密法，徒弟能承繼弘揚！”宗喀巴甚悅，立即賜以各種各樣密宗法器、經籍，并勉其努力發揚，權益“多情”（既有性命的全部蒼生）。杰尊·喜饒僧格遵循宗喀巴意旨先在桑布通蒙扎倉（即山南的那繞達布扎倉）為產業基地弘傳密法，后于1426年與師哥根敦珠巴搭伴到后藏弘傳演講顯宗各處精義后而返前藏，并在1433年在拉薩市修建密宗院，后由其徒弟杰·貢嘎頓珠在拉薩河上下游一帶弘傳所授密法，在小昭寺創建了上端密宗院，因喜饒僧格的密宗起源于拉薩市，故稱之為“下密院”。1445年圓寂，壽終63歲。
下密院的關鍵工程建筑包含經堂、佛殿、辯經場、印經房等。在其中不管工程建筑經營規模和藝術價值都以主殿為最。主殿建在密院中間，坐南朝北，高四層，有房子七十余間。最底層南邊為大經堂，北邊為佛殿，中有5門互通。經堂占地882平米，進深很大，有柱48根，正中間4柱直達二三層烘托高敞全景天窗，能容五百余名佛家弟子念經；四壁遍繪墻壁畫，內容多見格魯派小故事。東面室屋內有柱12根，供有泥塑制作佛象3尊。
經堂大門口兩有極大幅護法神墻壁畫6幅。佛殿總面積為415平米，西有廂廊。正殿主供宗喀巴大師三徒泥塑制作繪彩像，高約10米；上下為護法神殿，高約10米；上下為護法神殿，供有護法神像。主殿二層平面圖呈“冂”形，最北端圣殿內供有無量壽佛和觀世音菩薩泥塑像，余皆為佃舍；主殿三層亦為僧舍；主殿四層為達賴居所，總面積較小，僅有1柱。在主殿西面有一辯經場，中為室外場所，周邊是神殿工程建筑，其南與印經房互通。主殿正前43Km原為密院大門口，40Km為二門，二門上下全是物品排序的僧舍，已經拆卸在建。
下密院要求僧額為五百人，編有五個康村，設堪布1人、喇嘛翁則1人，全是任職期三年；強佐4人，任職期四年；格貴1人，任職期一年。所述僧職均須請示達賴或政攝核查任免，其崗位職責與上密院同樣。該寺在文G中遭遇毀壞，十一屆三中全會之后政府部門付款修補，目前寺僧五十余人從業密教的修行。
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