“赤巴”，有頂尖、第一座等含意，如頂尖堪布叫堪布赤巴，頂尖噶倫叫噶倫赤巴，在宗教信仰上，“赤巴”意思是法臺或主持人，“甘丹赤巴”便是甘丹寺的主持人，宗喀巴為第一任主持人，以后由其大徒弟賈曹杰·達瑪仁欽和克珠杰·格勒白桑出任甘丹赤巴。因為甘丹寺是格魯派祖先宗喀巴親身奠基石完工的第一座格魯派寺廟，宗教信仰影響力很高，因此甘丹赤巴也具備很高的地位，其崗位僅次達賴喇嘛和班禪，交通出行時具有喝道、擎黃傘蓋等優待。在格魯派中，甘丹赤巴也是宗教信仰實際意義上的掌教，是信徒們終身修行期盼獲得的最大崗位，政治上常常參加政府部門的管理決策或擔任西藏自治區政攝。從1409年剛開始，經歷數百位甘丹赤巴，她們在西藏自治區宗教信仰乃至西藏自治區社會史上面具有過至關重要的功效，之中有些人出任過西藏地方政府部門的政攝，主持人西藏地方政治工作，有的出任過達賴喇嘛的經師，承擔達賴喇嘛的學習培訓，很多人由于危害大，見識高，被覺得大活佛，產生了知名的活佛轉世系統軟件。
各代甘丹赤巴：
第一任:宗喀巴大師
第二任:賈曹杰·達瑪仁欽
第三任:克主杰高手
第四代:法臺夏魯巴·勒第五代甘丹法臺雅德·羅珠卻珺巴堅贊(妙幢)。
第五代甘丹法臺雅德·羅珠卻珺(聰慧護法)。
第六代甘丹法臺克珠·唐吉欽巴之弟跋蘇·卻季堅贊(法幢)。
第七代甘丹法臺法主·羅追丹巴(慧堅)。
第八代甘丹法臺法主門朗班瓦(愿吉祥如意)。
第九代甘丹法臺是赤欽·洛桑馬勒戈壁(秘笈后惠日)。
第十代是丹瑪·益希桑布(妙智)。
第十一代是塔欽·洛桑扎巴(善慧名字)。
第十二代是嘉木漾，希僥勒班羅追(敏敏 ·善智妙慧)。
第十三代是赤欽·卻季協守(法友)。
第十四代是堆龍巴·仁欽維賽(寶光)。
第十五代是班欽·索南扎巴(福稱)。
第十六代是迦熱·卻瓊嘉措(護法海)。
第十七代是木雅·多吉桑布(妙金鋼)。
第十八代是齊日·堅贊桑布(善幢)。
第十九代是赤欽·阿旺卻季扎巴(語自得法稱)。
第二十代是赤欽·卻扎桑布(法稱善)。
第二十一代是法主德瓦堅巴·格勒班桑(妙吉祥賢)。
第二十二代是礱雪根頓，丹巴饒杰(教盛)。
第二十三代是法主才旦嘉措(長命海)。
第二十四代是額噶瓦·強巴嘉措(慈海)。
第二十五代是赤欽·班覺嘉措(富海)。
第二十六代是赤欽·當曲班巴(圣教炬)。
第二十七代是法主釋迦仁欽(釋迦寶)。
第二十八代是赤欽·根頓堅贊(比丘幢)。
第二十九代是卓尼·協寧扎巴(善知識稱)。
第三十代是達隆查巴·羅追堅贊(慧幢)。
第三十一代是法主當曲班瓦(圣教祥)。
第三十二代是仲孜·楚程曲培(戒法增)。
第三十三代是赤欽·扎巴嘉措(名字海)。
第三十四代是赤欽·阿旺卻季堅贊(語自得法幢)。
第三十五代是林麥沙lol布隆·降央貢郊曲培(曼殊寶法增)。
第三十六代是工布·旦增勒協(掌教善說)。
第三十七代是赤欽·根頓仁欽堅贊(比丘寶幢)。
第三十八代是朝達億瓦·丹巴堅贊(教幢)。
第三十九代是赤欽·貢卻曲桑(寶善法)。
第四十代是法主阿里巴·班丹堅贊(具德幢)或稱丹巴堅贊(法幢)。
第四十一代是夏孜·洛桑堅贊(善慧幢)。
第四十二代是赤欽·洛桑頓悅當曲(善慧不空圣教)或稱尊者朗塔多吉(清靜金鋼)。
第四十三代是赤欽·強巴扎喜(慈吉祥如意)。
第四十四代是魯布·阿旺洛追嘉措(語自得慧海)。
第四十五代是卓尼·嘉木漾楚程培杰(曼殊戒昌)。
第四十六代是桑洛京巴嘉措(施意樂海)。
第四十七代是邦達瓦·洛桑曲培(善慧法增)。
第四十八代是赤欽·頓珠嘉措(義成海)。
第四十九代是赤欽·洛桑塔杰(善慧宏達)。
第五十代是貢塘赤欽·根頓平措(僧完滿)。
第五十一代是霍藏赤欽·班丹扎巴(具德名字)。
第五十二代是赤欽·阿旺曲培(語自得法增)。
第五十三代是赤欽·堅贊森格(勝幢獅)。
第五十四代是赤欽·阿旺飛人喬丹(語自得具勝)。
第五十五代是桑查赤欽·阿旺朗喀(語自得虛空)。
第五十六代是赤欽·洛桑赤梅(善慧無垢)。
第五十七代是赤欽·桑丹平措(三昧完滿)。
第五十八代是夏瓊瓦·阿旺曲扎(語自得法稱)。
第五十九代是秋桑·阿旺曲扎(語自得法稱)。
第六十代是赤欽·洛桑丹巴培杰(善慧法隆)。
第六十一代是擦朵·阿旺楚程(語自得戒)。
第六十二代是赤欽·洛桑門朗(善慧愿)。
第六十三代是赤欽·洛桑堪喬(善慧賢勝)。
第六十四代是赤欽·洛桑扎喜(善慧吉祥如意)。
第六十五代是赤欽·根頓楚程(僧戒)。
第六十六代是甲瓊·阿旺年扎(語自得盛名)。
第六十七代是降央門朗(敏敏 愿)。
第六十八代是赤欽·洛桑格勒(善慧完滿)。
第六十九代是赤欽·降秋曲培(菩堤法增)。
第七十代是赤欽·阿旺曲培(語自得法增)。
第七十一代是赤欽·益希塔堆(智欲脫)。
第七十二代是赤欽·降白楚程(曼殊戒)。
第七十三代是擦雜·阿旺降白楚程嘉措(語自得曼殊戒海)。
第七十四代是洛桑倫珠(善慧運成)。
第七十五代是赤欽·阿旺隆朵嘉措(語自得教證海)。
第七十六代是赤欽·洛桑欽饒旺秋(善慧妙智自得)。
第七十七代是赤欽·楚程培杰(戒昌)。
第七十八代是赤軟·降央塔杰(妙吉祥盛)。
第七十九代是赤欽·洛桑京巴(善慧施)。
第八十代是赤欽·扎巴頓珠(稱義成)。
第八十一代是赤欽·阿旺諾布(語自得寶)。
第八十二代是赤欽·益希曲培(智法增)。
第八十三代是赤欽·降秋朗喀(菩堤虛空)。
第八十四代是赤欽·洛桑楚程(善慧戒)。
第八十五代是赤欽·楚程班丹(戒吉祥如意)。
第八十六代是策門林巴·洛桑堅贊(善慧幢)。
第八十七代是赤欽·阿旺土丹旦白堅贊(語自得佛家教幢)。
第八十八代是赤欽·欽饒悅丹(慧德)。
第八十九代是赤欽·洛桑年扎嘉措(善慧譽海)。
第九十代是赤欽·強巴曲扎(慈法稱)。
第九十一代是赤欽·洛桑堅贊(善慧幢)。
第九十二代是赤欽·土旦寧齊(佛家日)。
第九十三代是赤欽·益希班丹(智吉祥如意)。
第九十四代是赤欽·倫珠尊珠(運成精湛)。
第九十五代是赤欽·扎西東堆(吉祥如意伏千)。
第九十六代是赤欽·土旦貢噶(佛家喜氣)
第九十七代甘丹赤巴是林仁波切(任職期:1964-1983)
第九十八任甘丹赤巴(任職期:1983-1987)
第九十九代甘丹赤巴(任職期:1987-1994)
第一百任甘丹赤巴:洛桑馬勒戈壁(任職期:1994-2002)
第一百零一任甘丹赤巴:龍日南杰法王(任職期:2002-?)
第一百零二任甘丹赤巴:圖丹馬勒戈壁隆多丹增諾布仁布切(日宗仁布切)(任職期:2009-)
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